W przeciwieństwie do Toyoty 4Runner i konkurentów takich jak Jeep Grand Cherokee czy Chevrolet TrailBlazer, Highlander miał nadwozie samonośne, dzięki czemu zapewniał więcej komfortu na drodze. Wpływ na komfort jazdy miało także niezależne tylne zawieszenie.
Highlander był dostępny w Stanach Zjednoczonych w trzech wersjach wyposażenia: wersji podstawowej, Sport i Limited. Model podstawowy i Limited były dostępne od premiery Highlandera, podczas gdy model Sport został wprowadzony w marcu 2006 roku. W Japonii Kluger był uważany za pojazd luksusowy, ponieważ przekraczał japońskie limity wyznaczone przez przepisy regulujące pojemność silnika i wymiary zewnętrzne.
W 2004 roku aluminiowe felgi w wersji Limited zostały zmienione z sześcioramiennych na pięcioramienne. Koła wersji podstawowej zostały zmienione ze stalowych na felgi aluminiowe. Model Sport miał charakterystyczny wzór grilla, odróżniający go od innych wersji. Stylistyka kół służy również do rozróżnienia wersji napędowych – hybryda ma unikalną konstrukcję z podwójnymi ramionami.