Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Wojdyga rozpoczął pracę jako trener. 10 kwietnia 2001 roku został szkoleniowcem Ceramiki Opoczno, z którą pracował do czerwca 2002, natomiast w latach 2002–2003 trenował Tłoki Gorzyce. Oba kluby prowadził w 78 meczach II ligi. Następnie był wymieniany w gronie kandydatów do objęcia Arki Gdynia, ale ostatecznie został trenerem bramkarzy w Polonii Warszawa. Funkcję tę sprawował do 31 grudnia 2004 roku, kiedy to wygasł jego kontrakt i nie został przedłużony.
W styczniu 2005 roku Wojdyga został trenerem bramkarzy w Koronie Kielce. W marcu 2006 został oskarżony przez szkoleniowca Legii Warszawa, Dariusza Wdowczyka, że w trakcie meczu pucharu Polski dopuścił się rasistowskich zachowań względem Dicksona Choto. Wojdyga zaprzeczył tym informacjom, a jego wersję wydarzeń potwierdzili zawodnicy siedzący na ławce rezerwowych; rasistowskiego zachowania nie dostrzegł też delegat PZPN.
Następnie Wojdyga był trenerem bramkarzy w Górniku Zabrze, a od czerwca do listopada 2009 roku pracował na tym stanowisku w Odrze Wodzisław Śl., gdzie zastąpił Pawła Primela. W lipcu 2015 roku związał się z Polonią Warszawa.