Czaszka okazu holotypowego mierzy 105 cm długości, charakteryzuje się wydłużonym pyskiem. Zachowany fragment kręgosłupa ma 285 cm długości; Aoki oszacował długość całego zwierzęcia na około 6,5 m. Dawniej sądzono, że największym zębem Toyotamaphimeia jest siódmy ząb kości szczękowej, jednak nowsze badania dowodzą, że większe są zęby dwunasty i trzynasty. Przy zamkniętych szczękach zęby kości szczękowej od ósmego do dwunastego znajdowały się na zewnątrz od odpowiadających im zębów kości zębowej, podczas gdy zęby od trzynastego do szesnastego stykały się z zębami kości zębowej, co sugeruje, że tylne zęby mogły tworzyć powierzchnię służącą do miażdżenia. Silnie rozwinięte mięśnie skrzydłowy tylny (M. pterygoideus posterior) i M. pseudotemporalis odróżniają Toyotamaphimeia od gawiala gangesowego i krokodyla gawialowego.
Katsura opisał liczne uszkodzenia kości holotypu: amputację jednej trzeciej żuchwy, noszącej ślady gojenia, złamane prawe: piszczel i kość strzałkową, nierówno później zrośnięte, z zachowaną kostniną, oraz osteodermę z dwoma nakłuciami – według Katsury nie doprowadziły jednak one do śmierci zwierzęcia. Prawdopodobnie powstały w wyniku wielu walk z udziałem holotypu i innych krokodyli.