w 1899 promowany na profesora zwyczajnego, pełnił również kilka funkcji kierowniczych – dziekana Wydziału Teologicznego (1901/1902), rektora (1903/1904), prorektora (1904/1905). Ponownie zatrudniony na UJ w 1912, został kierownikiem Katedry Historii Kościoła, a w 1919 kierownikiem Katedry Historii Kościoła w Polsce. W roku akademickim 1914/1915 był dziekanem Wydziału Teologicznego. Od 1926 zasiadał w kapitule katedralnej krakowskiej.
W 1903 wybrany na członka korespondenta AU (późniejsza PAU), w 1919 na członka czynnego PAU; od 1927 był dyrektorem Wydziału II PAU. Przewodniczył również Komisji Historycznej PAU (1920–1933), był dyrektorem zbiorów i wydawnictw tej komisji, przewodniczącym Komitetu Słownika Łaciny Średniowiecznej w Polsce PAU (od 1922), przewodniczącym Komitetu Ekspedycji Rzymskiej PAU (od 1932). Wśród innych towarzystw naukowych, do których należał, były m.in. Towarzystwo im. Benedykta XV (od 1918), Towarzystwo Naukowe we Lwowie (1920), Polskie Towarzystwo Teologiczne (od 1928 członek honorowy), Towarzystwo Przyjaciół Nauk w Wilnie (od 1932 członek honorowy), Poznańskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk (od 1936 członek honorowy). Uniwersytet Stefana Batorego w Wilnie nadał mu w 1932 doktorat honoris causa.