W tej warstwie nie ma tak silnych ograniczeń na czas wykonywania operacji jak w pierwszej, ponieważ wykonywanie kodu nie powoduje zablokowania systemu.
Przełączenie kontekstu liczone od miejsca sygnalizacji w ISR do przywrócenia innego wątku jest wykonywane w systemie DioneOS w ciągu około 10 μs (dla fosc=25 MHz).
Konfiguracja System DioneOS posiada wiele opcji wpływających na kod, który pojawia się w jego obrazie po kompilacji, duża część z nich ma charakter przełączników. Są one zgromadzone w jednym pliku konfiguracyjnym i mogą być modyfikowane przez programistę. W ten sposób możliwe jest włączanie m.in. dodatkowych elementów wspomagających testowanie lub ich pominięcie. Uzyskuje się więc obraz systemu przystosowany do debugowania z wieloma dodatkowymi warunkami poprawności albo obraz zoptymalizowany do końcowej produkcji urządzenia.
Poniżej przedstawiony jest fragment pliku konfiguracyjnego: