Thomas został dowódcą armii angielskiej w Brukseli i opuścił dwór a Katarzyna przyjęła propozycję króla i ich ślub odbył się w lipcu 1543.
Powrót do Anglii Thomas powrócił do Anglii pod koniec 1546 lub na początku stycznia 1547. Henryk VIII zmarł 28 stycznia 1547. Miesiąc później Thomas został lordem admirałem i baronem Sudeley. Brat Thomasa Edward, jako najstarszy wuj nowego króla Edwarda VI przejął rzeczywistą władzę w państwie i przyjął tytuł lorda protektora. Henryka VIII zgodnie z jego życzeniem pochowano obok siostry Thomasa Jane. Wybór miejsca pochówku miał znaczenie symboliczne — odtąd władza w kraju miała należeć do Edwarda i Thomasa Seymourów jako wujów niepełnoletniego nowego monarchy. Na mocy testamentu zmarłego króla jego córki miały objąć swój dwór, jednak Elżbieta była na to zbyt młoda i zamieszkała z królową-wdową.