19 czerwca 1933 roku rząd Austrii zakazał działalności NSDAP i jej organizacji afiliowanych. 30 sierpnia tegoż roku Globocnik został aresztowany po raz pierwszy. Zarzucono mu, że stojąc pod oknami aresztu w Klagenfurcie rozmawiał na tematy polityczne z osadzonymi tam nazistami. Szybko wyszedł na wolność, lecz osiemnaście dni później aresztowano go ponownie, tym razem pod zarzutem prowadzenia narodowosocjalistycznej agitacji. Dzięki zabiegom ojca narzeczonej, który interweniował u szefa rządu krajowego Karyntii, został zwolniony z aresztu. Trzeci raz zatrzymano go w listopadzie 1933 roku. Tym razem zarzuty były o wiele poważniejsze; Globocnika podejrzewano, iż był zamieszany w organizację licznych zamachów bombowych. Między innymi miał rzekomo wrzucić bombę do zakładu jubilerskiego w wiedeńskiej dzielnicy Meidling, zabijając żydowskiego właściciela oraz jednego z klientów. Po raz kolejny interwencja Emila Michnera sprawiła jednak, że postępowanie prokuratorskie zostało umorzone. W czerwcu 1934 roku został zwolniony z firmy Rudolfa Rapatza, gdyż bez wiedzy pracodawcy ukrył materiały wybuchowe w jednym z firmowych składów budowlanych. Od tego momentu poświęcił się całkowicie „pracy partyjnej”.