We wrześniu 1943 roku z powodu konfliktu z administracją cywilną został odwołany z Lublina i przeniesiony na stanowisko Wyższego Dowódcy SS i Policji w Strefie Operacyjnej Regionu Wybrzeża Adriatyku. Odpowiadał tam za eksterminację miejscowych Żydów oraz walkę z jugosłowiańską i włoską partyzantką. 31 maja 1945 roku został aresztowany przez żołnierzy brytyjskich w swej górskiej kryjówce nieopodal Paternion. Jeszcze tego samego dnia popełnił samobójstwo przez zażycie cyjanku potasu.

Młodość Urodził się 21 kwietnia 1904 roku w Trieście, należącym podówczas do monarchii austro-węgierskiej. Był trzecim z czworga dzieci Franza Globočnika (Globotschniga) i Anny z d. Pecsinka (Petschinka). Jego ojciec był porucznikiem cesarsko-królewskiej armii, który po zawarciu małżeństwa w 1898 w Slavinie przeszedł do rezerwy i został urzędnikiem pocztowym. Przodkowie po mieczu byli niemieckojęzycznymi mieszkańcami miasteczka Tržič w słoweńskiej Górnej Krainie. Co najmniej od czwartego pokolenia wstecz posługiwali się nazwiskiem Globotschnig, natomiast ojciec podpisywał się już jako Globočnik. Matka była z kolei córką radcy sądowego. Pochodziła z Vršaca w Banacie i miała węgierskie korzenie, lecz identyfikowała się całkowicie jako Niemka.