Działania w Strefie Gazy były przyczyną dużych strat ludności palestyńskiej, nie zdołały jednak powstrzymać aktywności terrorystów, którzy od 2001 regularnie ostrzeliwali Izrael przy pomocy rakiet Kassam. Aby powstrzymać ostrzał izraelska armia wielokrotnie niszczyła liczne domy w południowej części Strefy Gazy. Niektóre z tych domów stanowiły ukrycie dla wejść do podziemnych tuneli przemytniczych, którymi przemycano do Strefy Gazy broń i materiały wybuchowe. W 2005 Dowództwo Południowe było zaangażowane w realizację planu Ariela Szarona jednostronnego wycofania się ze Strefy Gazy. Ewakuowano wówczas wszystkie osiedla żydowskie ze Strefy Gazy. Wycofanie nie przyniosło jednak oczekiwanej poprawy bezpieczeństwa, i palestyńscy terroryści nadal ostrzeliwują Izrael. Było to jednym z powodów przeprowadzenia w grudniu 2008 operacji Płynny Ołów.
Zadania Dowództwo Południowe odpowiada za bezpieczeństwo południowej części kraju, w szczególności za zabezpieczenie granicy z Egiptem (około 240 km) i Jordanią (około 400 km). Obszar strategicznego działania obejmuje pustynię Negew, obszar Arawa z miastem Ejlat i rejon Strefy Gazy. W warunkach pokoju Dowództwo przygotowuje oraz szkoli jednostki na wypadek wojny lub konfliktu.