11. 1875 – Ministerstwo Spraw Wewnętrznych przejmuje odpowiedzialność za zbiory, które są podzielone na osiem kategorii: przyroda, rolnictwo i leśnictwo, przemysł, sztuki piękne, edukacja, prawo, ląd i morze 1882 – muzeum przenosi się do obecnej lokalizacji w Ueno, będącej wcześniej główną siedzibą świątyni Kan’ei-ji 1889 – Ministerstwo Dworu Cesarskiego przejmuje kontrolę nad zbiorami muzeum, którego nazwa zostaje zmieniona na „Muzeum Cesarskie” 1900 – nazwa muzeum zmieniona na „Muzeum Dworu Cesarskiego w Tokio” 1923 – główny budynek muzeum (Honkan) ulega zniszczeniu w trakcie trzęsienia ziemi w Tokio 1925 – eksponaty przyrodnicze zostają przeniesione do Muzeum Ministerstwa Edukacji w Tokio, które zmienia nazwę na „Narodowe Muzeum Nauki” 1938 – otwarcie nowego głównego budynku muzeum (Honkan) 1947 – odpowiedzialność za zbiory przejmuje Ministerstwo Edukacji, muzeum zmienia nazwę na „Muzeum Narodowe” 1978 – budynek Hyokeikan uznany za znaczącą wartość kulturową 1999 – otwarcie Galerii Skarbów Horyu-ji oraz budynki „Heisei-kan” 2001 – zmiana nazwy na „Muzeum Narodowe w Tokio” w ramach Independent Administrative Institution National Museum (IAI National Museum, Samodzielna Instytucja Administracyjna Muzeum Narodowe) 2001 – budynek Hon-kan uznany za znaczącą wartość kulturową 2005 – IAI National Museum poszerzone o