W 2005 roku do Grupy Polpharma dołączyła spółka Medana Pharma S.A. z Sieradza, specjalizująca się w produkcji leków pediatrycznych i preparatów witaminowych. W 2007 roku Polpharma otrzymała certyfikaty ISO 14001 w dziedzinie ochrony środowiska oraz OHSAS 18001 w dziedzinie bezpieczeństwa i higieny pracy, a także otworzyła przedstawicielstwa na Białorusi i w Kazachstanie. W 2009 roku do Grupy wszedł Chimpharm (Santo) – największy producent leków w Kazachstanie. Powstały również przedstawicielstwa w Azerbejdżanie i Uzbekistanie. W tym samym roku Polpharma z sukcesem przeszła inspekcję amerykańskiej Agencji Żywności i Leków (FDA), co otworzyło rynek USA dla substancji farmaceutycznych wytwarzanych przez firmę. W 2010 roku Polpharma przejęła od firmy Bioton portfel antybiotyków i oddział produkcyjny w Duchnicach pod Warszawą.
W kwietniu 2012 roku Polpharma nabyła większościowy pakiet akcji (85,14%) Warszawskich Zakładów Farmaceutycznych Polfa S.A. za 957 mln zł, kończąc proces prywatyzacji tej spółki. Otwarto również pierwsze pracownie centrum biotechnologii w Gdańskim Parku Naukowo-Technologicznym. Powstały nowe przedstawicielstwa w Bułgarii i Czechach.