1 października 2000 roku Lynn pokonał Justina Credible I zdobył ECW World Heavyweight Championship.
World Wrestling Federation (2001–2002) Po ogłoszeniu bankructwa przez ECW w kwietniu 2001 roku, Lynn został zatrudniony przez World Wrestling Federation. Lynn zadebiutował w TV 29 kwietnia 2001 roku ma gali Sunday Night HEAT, gdzie pokonał Crasha Holly I zdobył Light Heavyweight Championship. W wyniku kontuzji, jaką Jerry odniósł w sierpniu, wymagana była poważna operacja. 22 lutego 2002 roku Lynn został zwolniony z WWF, a 24 godziny później wziął udział w gali PPV federacji World Wrestling All-Stars. Podczas pobytu w WWA, Jerry był posiadaczem pasa WWA International Cruiserweight title.
Total Nonstop Action Wrestling (2002–2007) W 2002, Lynn podpisał kontrakt z federacją Total Nonstop Action Wrestling, gdzie dwukrotnie zdobył pas TNA X Division Championship, oraz jednokrotnie tytuł NWA World Tag Team Championship. Feudował między innymi z A.J. Stylesem i Donem Callisem. W lutym 2004 roku Lynn doznał poważnej kontuzji ramienia po walce z Juventudem Guerrera Lynn zaczął pełnić funkcję road agenta w federacji, planując przebieg walk i trenując młodych zawodników. Lynn powrócił na ring 10 czerwca 2005 roku, gdzie stanął do walki przeciwko Justinowi Credible na gali Hardcore Homecoming, zorganizowanej przez Shane’a Douglasa.