Po serii reform systemu edukacji instytucja ta została przeniesiona do Kioto w 1889 i przemianowana na Trzecią Szkołę Wyższą (第三高等学校 Daisan-kōtō-gakkō)Tego rodzaju placówek było w ówczesnej Japonii łącznie osiem, o kolejnych numerach: „pierwsza” w Tokio (第一高等学校 (東京)), „druga” w Sendai (第二高等学校 (仙台)), „czwarta” w Kanazawie (第四高等学校 (金沢) itd. Były to specjalistyczne uczelnie stworzone na potrzeby szybkiej modernizacji kraju. Ówczesnej nazwy kōtō-gakkō, oznaczającej instytucję edukacyjną odpowiadającą poziomem ówczesnym uniwersytetom, nie należy mylić z identyczną nazwą współczesnej szkoły średniej II stopnia (wyższej szkoły średniej). w 1894. Do czasu ostatecznej integracji z uniwersytetem po II wojnie światowej szkoła ta pielęgnowała własną atmosferę wolności akademickiej.
Cesarski Uniwersytet w Kioto (京都帝國大學 Kyōto Teikoku Daigaku), jako część systemu uniwersytetów cesarskich, powołany został 18 czerwca 1897 i umieszczony w budynkach Trzeciej Szkoły Wyższej, która przeniosła się na teren po drugiej stronie ulicy, gdzie do dziś znajduje się południowy kampus Yoshida. W roku założenia uniwersytetu powołano Wydział Nauk Ścisłych i Techniki.