Służba „Naniwa” przypłynęła do Shinagawy, Tokio 26 czerwca 1886. Była pierwszym okrętem zakupionym przez Japonię, który przebył drogę do kraju obsadzony w pełni przez japońską załogę. Pół roku później, w styczniu 1887, podczas przeglądu floty, cesarz Mutsuhito odbył na okręcie rejs z Tokio do Jokohamy.
14 grudnia 1891 dowództwo krążownika objął kapitan Heihachirō Tōgō (późniejszy zwycięzca spod Cuszimy). Następny rok krążownik spędził na rejsach szkoleniowych po wodach Archipelagu Japońskiego, a w listopadzie przeszedł przegląd w Tokio. Załoga osiągnęła bardzo wysoki poziom wyszkolenia, i w styczniu 1893 sprawnie przeprowadziła misję ratunkową wśród wysp koło Kiusiu. 8 lutego krążownik został wysłany na Hawaje, dokąd dopłynął 23 tego samego miesiąca. Celem była ochrona japońskich obywateli i zaznaczenie japońskiej obecności podczas obalenia Królestwa Hawajów, przez amerykańskich kolonistów i marines. Podczas drugiego rejsu doszło do incydentu zwanego czarnym tygodniem, na skutek którego o mało nie doszło do wojny między USA a nowo powstałą Republiką Hawajów.