Oczekiwano, że w pierwszej obronie mistrzowskiego pasa, 11 listopada 2023 roku na gali UFC 295 zmierzy się z byłym mistrzem wagi ciężkiej, Stipe Miociciem. Pod koniec października tego samego roku ogłoszono, że Jones został zmuszony wycofać się z powodu kontuzji barku. Do walki Jonesa z Miociciem doszło rok później podczas gali UFC 309, która odbyła się 16 listopada 2024 w Nowym Jorku. Wygrał walkę przez techniczny nokaut poprzez obrotowe kopnięcie na korpus rywala, po którym dobił go ciosami w trzeciej rundzie. Ta walka przyniosła mu kolejną nagrodę za występ wieczoru.
Zakończenie kariery 22 czerwca 2025 Dana White, poinformował, że Jon Jones zakończył karierę. Pełnoprawnym mistrzem wagi ciężkiej został dotychczasowy mistrz tymczasowy, Tom Aspinall. Jeszcze tego samego dnia Jones wydał oświadczenie, w którym potwierdził swoją decyzję i podziękował za lata kariery. Kilka dni później został oficjalnie usunięty z rankingu zawodników wagi ciężkiej UFC oraz najlepszych zawodników bez podziału na kategorie wagowe.
Trening mały|Jon Jones kopie worek treningowy na treningu. W przeszłości trenował w klubie BombSquad w Cortland, potem krótko w Tristar Gym w Montrealu, a obecnie w Jackson's MMA w Albuquerque.