Opierał się również żądaniom luteranów dotyczącym zniesienia obowiązującego na mocy pokoju augsburskiego z 1555 roku reservatum ecclesiasticum, czyli reguły, według której po ewentualnym przejściu biskupa na protestantyzm jego ziemie pozostają w rękach Kościoła. Sprawa ta powracała systematycznie za panowania Maksymiliana.
W 1571 cesarz wydał „edykt asekuracyjny”, w którym zezwolił protestantom w Austrii na odprawianie nabożeństw w ich domach i prywatnych dobrach. W 1567 na żądanie czeskich luteranów anulował kompaktaty praskie, pochodzące jeszcze z czasów wojen husyckich. W 1575 przyrzekł sejmowi czeskiemu wydanie edyktu tolerancyjnego dla protestantów i utrakwistów (w zamian za co sejm czeski wybrał jego syna, Rudolfa, na króla), czego jednak nie zrealizował.
Wojna z Turkami Bezskutecznie walczył z Turkami na Węgrzech, w 1566 stracił twierdzę Szigetvár. W 1568 r. zawarł ośmioletni rozejm z rządem sułtana Selima II, na mocy którego Habsburgowie mieli płacić Porcie Osmańskiej trybut.