Zajęta głównie działaniami wobec Francji, Austria nie brała udziału w II rozbiorze Polski w 1793 r. Franciszek był z tego faktu wielce niezadowolony i zdymisjonował swojego ministra, Philippa von Cobenzla. Jego miejsce zajął Franz Maria von Thugut. Choć zajęta wojnami z rewolucyjną Francją Austria nie wzięła udziału w tłumieniu insurekcji kościuszkowskiej, w 1795 wraz z cesarzową Rosji Katarzyną II i królem Prus Fryderykiem Wilhelmem II Franciszek wziął udział w III rozbiorze Polski. Tym razem ubiegł Prusy w inicjatywie rozbiorów i pierwszy skontaktował się z carycą.
Pokój z Francją nie trwał długo. W 1799 powstała II koalicja antyfrancuska, w skład której weszły Austria, państwa niemieckie, Wielka Brytania, Neapol, Rosja i Turcja. Wojska austriacko-rosyjskie odniosły pewne sukcesy we Włoszech, ale w 1799 Rosja wycofała się z wojny po fiasku wyprawy na Zurych. Przyczyniła się do tego niekompetencja austriackich generałów, którzy wyposażyli rosyjskiego dowódcę Suworowa w niedokładne mapy, w efekcie czego Suworow pobłądził w Alpach. W 1800 Napoleon zadał Austriakom klęskę pod Marengo i wyrzucił ich z Italii. Niepowodzenia wojenne spowodowały upadek Thuguta. Jego miejsce zajęli na krótko Ferdinand von Trauttmansdorff, potem Johann Ludwig von Cobenzl, który przystąpił do rokowań z Francją.