Cesarz, mimo wysunięcia na pierwszy plan swojego kanclerza, pozostawał rzeczywistym przywódcą państwa. Do końca życia zachowywał pozory dobrotliwego urzędnika wykonującego sumiennie swoje obowiązki. Człowieka rzekomo nie znającego się na polityce i z zadowoleniem uprawiającego swój ogródekAndrew Wheatcroft, Habsburgowie, Kraków 2000, s. 178.. System, który funkcjonował, a stworzony został po 1815 roku, opierał się na dokładnych wytycznych monarchy i był kontrolowany przez jego szpiegów i informatorów. Cesarz nie ufał nikomu, nawet członkom swojej najbliższej rodziny.
Franciszek zmarł w 1835 roku. Jego następcą został jego najstarszy syn, upośledzony umysłowo Ferdynand. Franciszek został pochowany w grobie nr 57 w krypcie cesarskiej kościoła Kapucynów w Wiedniu. Śmierć mały|248x248px|Portret starzejącego się Franciszka II, pędzla Friedricha von Amerlinga, ok. 18322 marca 1835 roku, 43 lata i jeden dzień po śmierci ojca, Franciszek zmarł w Wiedniu w wieku 67 lat na nagłą gorączkę, w obecności wielu członków rodziny i z całym wsparciem religijnym. Jego pogrzeb był wspaniały, a jego wiedeńscy poddani z szacunkiem przechodzili obok jego trumny w kaplicy dworskiej pałacu Hofburg przez trzy dni. Franciszek został pochowany w tradycyjnym miejscu spoczynku monarchów Habsburgów, Krypcie Cesarskiej na placu Neue Markt w Wiedniu. Został pochowany w grobowcu nr 57, otoczonym grobowcami jego czterech żon.