Po wybuchu II wojny światowej, wraz z mężem, który uciekł z niewoli sowieckiej, podjęli na nowo pracę w szpitalu. Pomagała potajemnie polskim partyzantom, udzielała im pomocy na miejscu (w mieszkaniu służbowym), a także dojeżdżała do rannych. Od 1941 ukrywała się u sióstr niepokalanek z Białego Klasztoru, potem u siostry swojego męża, w Warszawie. Oprócz rodziny, w jej ratowaniu brali udział sądeccy jezuici z o. Antonim Kuśmierzem na czele, siostry miłosierdzia, niepokalanki oraz przyjaciele. W Warszawie przebywała prawdopodobnie do Powstania w 1944. Koniec wojny spędziła prawdopodobnie w klasztorze w Kalwarii Zebrzydowskiej. Wróciła do Nowego Sącza w marcu 1945. Natomiast jej rodzice, jeden z braci i dalsi krewni (około 40 osób) zginęli w getcie lwowskim w 1942.
Z racji przerwy w praktyce zawodowej Helena Stuchłowa musiała zdobyć dodatkową specjalizację. Po kursie w Gliwicach zaczęła pracę jako lekarz radiolog.
Zmarła 4 września 1955 w Nowym Sączu, po krótkiej i ciężkiej chorobie. Jest pochowana razem z mężem na cmentarzu komunalnym w Nowym Sączu. Na grobie znajduje się też tablica pamiątkowa ich starszego syna, Stanisława.