W 1564 r., na prośbę Ferdynanda, papież wyraził zgodę, aby w Czechach i niektórych państwach niemieckich przyjmowano komunię pod dwiema postaciami.
W 1559 r. na wniosek Ferdynanda I Sejm Cesarstwa uchwalił ordynację menniczą, której celem było uporządkowanie spraw monetarnych w Rzeszy po zakończeniu długich wojen. W tym samym roku Sąd Nadworny Cesarstwa (Reichshofrat) z siedzibą w Wiedniu został zreorganizowany przez cesarza, a Sejm uznał go oficjalnie za organ państwowy Świętego Cesarstwa Rzymskiego.
W Czechach i na Węgrzech W 1527 r. Ferdynand I wydał ordynację ustrojową dla Austrii, Czech i Węgier – Hofstaatsordnung (niem. porządek dworu i państwa). Określała ona reguły funkcjonowania państw naddunajskich i definiowała ich instytucje polityczne. M.in.: wprowadzała instytucję Tajnej Rady, głównego organu doradczego władcy. W 1528 roku cesarz zniósł tradycyjne zgromadzenia komunalne czeskich miast, wywołując tym duże niezadowolenie. Ferdynand powołał w Czechach, na Śląsku i na Węgrzech urzędy identyczne do austriackich: rady dworskie (niem. hofrat), kancelarie dworskie (niem. hofkanzlei) i kamery dworskie (niem. hofkammer), czyli izby skarbowe. W 1537 r. podporządkował austriackiej Kamerze Dworskiej odpowiadające jej kamery na Węgrzech (w Preszburgu), w Czechach (w Pradze) i na Śląsku (we Wrocławiu).