Na ścianie szczytowej bastionu umieszczono napis „Muzeum”. Kolejna wystawa stała pod nowym tytułem Tadeusz Kościuszko. Rozdział pierwszy została otwarta 28 listopada 2011 (autor scenariusza Michał Niezabitowski, projekt plastyczny Łukasz Sarnat).
16 września 2008 na mocy zarządzenia prezydenta miasta Krakowa Komitet pozyskał do celów muzealnych kurtynę łączącą Bastion V z dawną bramą wjazdową do fortu. W latach 2018–2020 przeprowadzono kompleksowy remont konserwatorski Bastionu V, kurtyny, zadaszono dziedziniec między bastionem i kurtyną, wytyczono parking, na wyższej kondygnacji kurtyny utworzono centrum konferencyjno – recepcyjne. 16 października 2020 w części przyziemia kurtyny i na 1. kondygnacji bastionu otwarto nową wystawę stałą Kościuszko, bohater wciąż potrzebny na motywach scenariusza Niezabitowskiego (wykonanie Adventure Multimedialne Muzea i Koza Nostra Studio).
W latach 2019–2020 dokonano inwentaryzacji zbiorów. Według stanu na 31 grudnia 2020 liczba muzealiów liczyła 460 pozycji, inwentarz księgozbioru – 1901 pozycji.