XVI wiek 1502, 28 lipca – zakończono budowę kościoła Mariackiego. 1520, 8–10 listopada – w czasie wojny polsko-krzyżackiej 1519–1521 niemieccy landsknechci przeprowadzili ostrzał Gdańska z Biskupiej Górki. 1525, styczeń – tumult gdański – rozruchy luterańskiego pospólstwa i plebsu przeciwko burmistrzowi Eberhardowi Ferberowi. 1526 26 stycznia – obalenie starego magistratu przez zrewoltowany tłum. 17 kwietnia – król Zygmunt I Stary wkroczył na czele 8 tysięcy wojska do Gdańska, ściął buntowników i rozszerzył uprawnienia swojego burgrabiego, któremu nadał wyższe kompetencje niż burmistrzowi. Wprowadzona została unifikacja monetarna. 22 lipca – król Zygmunt I Stary przekazał Gdańskowi prawa do Helu i części półwyspu. 1540 – wielka powódź na Żuławach Gdańskich, pod wodą znalazły się Długie Ogrody i Wyspa Spichrzów. 1557, 15 maja – przywilej króla Zygmunta Augusta przyznający protestantom równe prawa. 1558 – założone zostało Gdańskie Gimnazjum Akademickie – szkoła protestancka o bardzo wysokim poziomie kształcenia (gimnazjum istniało do 1817). 1560–1570 – do Gdańska przybyły grupy protestantów uchodzących przed prześladowaniami w Niderlandach – luteranie, kalwini i mennonici. 1563–1570 – w czasie wojny siedmioletniej Gdańsk, pomimo skrupulatnego przestrzegania neutralności, tracił poprzez ograniczenie wymiany handlowej