3 września nad niebem Izbicy pojawiły się pierwsze samoloty niemieckie z celem zbombardowania miasta, zaś 13 września do miasta wkroczyły oddziały niemieckie. W czasie okupacji na początku 1940 r. polskie nazwy ulic i placów zostały zastąpione niemieckimi, samo zaś miasto w latach 1940-1945 zostało przemianowane na Mühlental. Represje dotknęły najbardziej Żydów. Bożnica została zamknięta, a Żydzi dla odróżnienia od innych narodowości zmuszeni byli nosić żółte gwiazdy na ubraniach. W połowie stycznia 1942 roku Żydzi z getta w Izbicy Kujawskiej zostali wysłani do obozu zagłady w Chełmnie nad Nerem i tam zamordowani. 21 stycznia 1945 r. do Izbicy wkroczyły wojska radzieckie. W wyniku wojny liczba ludności miasteczka spadła o połowę, Żydzi zostali wymordowani. Wojnę i okupację przeżyło tylko 1900 mieszkańców osady. Miasteczko ponownie znalazło się w powiecie kolskim w województwie poznańskim. Została utworzona gmina wiejska Izbica Kujawska, która dzieliła się na 34 gromady. W 1958 r. miasteczko uzyskało status osiedla, a w 1973 r. po ponad stu latach przywrócono Izbicy prawa miejskie. W wyniku bardzo poważnej reformy administracyjnej z 1975 r., w wyniku której utworzono 49 województw, Izbica znalazła się w obrębie województwa włocławskiego. Z dniem 1 stycznia 1999 r. wszedł w życie nowy podział administracyjny.