System rozgrywek Rozgrywki o Puchar Zdobywców Pucharów w sezonie 1996/1997 obejmowały dwie rundy kwalifikacyjne, fazę grupową oraz turniej finałowy. Drużyny podzielono na trzy kategorie na podstawie wyników osiągniętych w poprzedniej edycji Pucharu Zdobywców Pucharów: kategoria I – przedstawiciele federacji, których drużyny zajęły miejsca 1–4 w grupach fazy grupowej; kategoria II – przedstawiciele federacji, których drużyny zajęły miejsca 5–8 w grupach fazy grupowej, druga drużyna z federacji greckiej oraz zespół z federacji włoskiejW sezonie 1995/1996 żaden włoski zespół nie wystąpił w Pucharze Zdobywców Pucharów, ponieważ dwie drużyny uprawnione do gry w tych rozgrywkach – Las Daytona Modena oraz Sisley Treviso, czyli zdobywca i finalista Pucharu Włoch – uzyskały prawo udziału w Pucharze Mistrzów.; kategoria III – pozostałe drużyny.
Zespoły z kategorii I zostały bezpośrednio rozstawione w fazie grupowej, z kategorii II rozpoczęły udział w rozgrywkach od II rundy kwalifikacyjnej, natomiast z kategorii III rywalizowały w I rundzie kwalifikacyjnej.