Po powrocie do Nikaragui z grupą duchownych o podobnych poglądach założył wspólnotę zakonną w Solentiname na wyspie na jeziorze Nikaragua. Głosił w niej zasady niestosowania przemocy, propagowane przez Mertona. Na wyspie powstała również kolonia artystów prymitywistów. Na wyspie spędził 12 lat (1965–1977). Gdy władze wykryły, że ks. Cardenal należy do opozycyjnego Frontu Wyzwolenia Narodowego im. Sandino (FSLN) musiał uciekać. Udał się wówczas na Kubę, gdzie został ambasadorem opozycji sandinowskiej.
Był zwolennikiem teologii wyzwolenia oraz członkiem partii sandinistów, z której ostatecznie wystąpił. W latach 1979–1987 pełnił rolę ministra kultury w rządzie Nikaragui.
Suspensa i rehabilitacja 4 marca 1983 podczas pielgrzymki do Nikaragui papież Jan Paweł II nie pozwolił Ernesto Cardenalowi pocałować pierścienia i skrytykował go za pełnienie funkcji ministra w lewicowym rządzie sandinistów. Rok później, 4 lutego 1984 Jan Paweł II nałożył na niego zakaz sprawowania funkcji wynikających z sakramentu święceń. Papież nakazał mu, aby „uregulował swe sprawy z Kościołem” co oznaczało, że chciał, aby Cardenal przestał pełnić funkcje polityczne.