Fryderyk nie dopuścił jednak do Rzymu delegatów zmierzających na sobór i, po bitwie morskiej, wziął ich do niewoli (3 maja u wybrzeży Elby). Na przełomie kwietnia i maja, Rzym został odcięty od świata i otoczony. Nie wytrzymując trudnej sytuacji i sierpniowych upałów, Grzegorz IX zmarł.
Bliski przyjaciel św. Franciszka z Asyżu i protektor franciszkanów oraz dominikanów, w 1228 kanonizował Franciszka, a w 1234 Dominika Guzmana. Ustalił reguły dla klarysek – żeńskiej gałęzi zakonu franciszkanów. W 1230 polecił skompilować Dekrety, zbiór prawa kanonicznego oparty na decyzjach soborowych i listach papieskich, promulgowany w 1234, pozostał do 1918 roku najważniejszym źródłem katolickiego prawa kościelnego. Popierał misje franciszkanów i dominikanów we wschodniej Europie oraz działalność zakonu krzyżackiego (w 1234 zatwierdził na ich rzecz nadania Konrada mazowieckiego). Był także autorem dzieł teologicznych.