W 1914 biskup Borys otrzymał tytuł biskupa bałckiego, pozostając biskupem pomocniczym eparchii podolskiej, zaś w 1915 został przeniesiony do eparchii kazańskiej, ponownie jako wikariusz, z tytułem biskupa czeboksarskiego.
Brał udział w Soborze Lokalnym Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w latach 1917-1918. Po zakończeniu jego obrad udał się ponownie do Kazania, skąd wycofał się w 1918 razem z ostatnimi grupami żołnierzy Korpusu Czechosłowackiego. do eparchii irkuckiej i angarskiej, gdyż z tytułem biskupa kirieńskiego miał objął zadania jej biskupa pomocniczego. Ponadto od 1919 do 1921 był locum tenens eparchii permskiej, przejmując zarząd parafii położonych na obszarach kontrolowanych przez oddziały adm. Kołczaka. Od 1921 był ordynariuszem eparchii ufijskiej. W 1922 został aresztowany w Ufie i przebywał w więzieniu do roku następnego: skazany początkowo na siedem lat pozbawienia wolności za czynne popieranie wojsk Kołczaka, został przedterminowo zwolniony.