W roku 1985 Szentágothai został posłem węgierskiego parlamentu. Zaangażował się tam w działania na rzecz ochrony środowiska przeciwstawiając się budowie elektrowni . W roku 1990, w pierwszych demokratycznych wyborach na Węgrzech po roku 1947, został wybrany na posła nowego parlamentu jako jeden z kilku jedynie posłów zasiadających w poprzednim, komunistycznym parlamencie. Funkcję tę pełnił do roku 1994. W roku 1992 został odznaczony węgierskim Orderem Zasługi (Krzyż Komandorski z Gwiazdą).
W wolnym czasie malował akwarele i pisał wiersze. Za najważniejsze cele swego życia uważał „być człowiekiem kulturalnym w sensie, jaki miało to w końcu 20. wieku, być człowiekiem honoru niezależnie od okoliczności historycznych i, ponad wszystko, być dobrym chrześcijaninem”.