Aktywność w Tybecie Szesnasty Karmapa podróżował i nauczał w całym Tybecie. Kiedy w 1950 roku chińska armia przejęła kontrolę nad Tybetem, Dalajlama i inni urzędnicy rządowi pojechali na rozmowy do Pekinu. Karmapa i wielu innych wysokich lamów towarzyszyło im, by wziąć udział w negocjacjach, które wówczas przyniosły Tybetańczykom pewne korzyści. Jednak rok 1959 ostatecznie rozwiał szansę na pokój. Kiedy Chiny uderzyły na Tybet, Karmapa zdecydował się wyemigrować do Indii przez Bhutan. Pod przewodnictwem Karmapy i dzięki ochronie uczniów z wojowniczego plemienia Khampów, całej grupie 160 lamów i mnichów, udało się bezpiecznie uciec i zabrać ze sobą bezcenne teksty dharmy, tanki, relikwie oraz rytualne przedmioty buddyjskie przez setki lat przechowywane w klasztorze Tsurphu. O opracowanie drogi ucieczki Karmapa przezornie już w 1953 roku, poprosił mistrza medytacji Kalu Rinpocze.