Pierwszy wybudowany z drzewa kościół był usytuowany w pobliskich Dominikowicach, jednakże z chwilą powołania do życia parafii Kobylanka parafia Dominikowie zniknęła z wykazów. Obecny kościół Sanktuarium ufundowany przez Jana Wielopolskiego (wnuka wspomnianego wcześniej Jana Wielopolskiego) jest drugim z kolei w parafii Kobylanka. Budowano go w latach 1720–1750 a konsekracji, wybudowanej w stylu późnego baroku świątyni, dokonał 11 października 1750 roku sufragan krakowski bp Michał Ignacy Kunicki. W latach 1750–1777 kościół został otoczony murem z umieszczonymi weń stacjami Drogi Krzyżowej, konfesjonałami, kaplicą Matki Bożej Bolesnej i dzwonnicą. W roku 1930 opieka nad Sanktuarium została powierzona Zgromadzeniu Księży Misjonarzy Saletynów przez biskupa tarnowskiego Leona Wałęgę. Licznymi znakami wciąż bardzo żywego kultu Kobylańskiego Jezusa Ukrzyżowanego, są istniejące na Podkarpaciu kopie tego Obrazu pochodzące z XVIII i XIX w. usytuowane w kościołach, przydrożnych kapliczkach, jak również w prywatnych domach i muzeach. O atrakcyjności tego miejsca kultu wśród wiernych świadczy również duża liczba pielgrzymek, wycieczek oraz wielkie rzesze wiernych w trakcie odpustów i innych świąt kościelnych.