W sezonie 2006/2007 zdobył swoje premierowe mistrzostwo Kostaryki, sukces ten powtórzył w jesiennych rozgrywkach Apertura 2007, wówczas także dotarł do finału rozgrywek Copa Interclubes UNCAF. Swój trzeci tytuł mistrzowski wywalczył z Saprissą w wiosennym sezonie Clausura 2008, natomiast czwarty raz z rzędu mistrzem Kostaryki został w jesiennych rozgrywkach Apertura 2008. W tym samym roku doszedł również z drużyną prowadzoną przez trenera Jeaustina Camposa do finału najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF.
W styczniu 2009 Alfaro został wypożyczony do innego klubu ze stolicy, CF Universidad de Costa Rica. W tej ekipie występował przez następne półtora roku, jednak nie zdołał odnieść żadnych sukcesów, po czym powrócił do swojego macierzystego Municipalu Pérez Zeledón, którego barwy reprezentował przez sześć miesięcy, odbudowując swoją formę i będąc najskuteczniejszym zawodnikiem ekipy. Na początku 2011 roku przeszedł do meksykańskiego zespołu Atlante FC z siedzibą w mieście Cancún. W tamtejszej Primera División zadebiutował 15 stycznia 2011 w wygranym 3:0 meczu z Cruz Azul, jednak nie potrafił sobie wywalczyć miejsca w podstawowym składzie i przez cały pobyt w tej drużynie pełnił wyłącznie rolę rezerwowego.