25 maja 1939 roku z powodu powodzi, jaka miała miejsce w Raciborzu, zamknięto tor pomiędzy stacjami Lukasine i Ratibor Plania. Ponieważ w tym samym czasie na tym odcinku trwała budowa kanału Ulga, po odejściu fali powodziowej nie wznowiono już na nim ruchu kolejowego. Nie zrealizowano także planu przeciągnięcia linii mostem drogowym w ciągu dzisiejszej ulicy Rybnickiej, co oznaczało koniec połączenia prowadzącego na Płonię. Linia odtąd kończyła się więc na stacji Lukasine, której nazwę zmieniono później na Ratibor Rybniker Straße.
Pod koniec II wojny światowej radzieccy żołnierze rozebrali tory od Raciborza do Paproci. Do 1950 roku trwała odbudowa odcinka do Markowic, natomiast szlakiem odcinka z Markowic do Lukasyny poprowadzono linię normalnotorową i linia wąskotorowa kończyła się w Markowicach. Na początku last 60. XX w. na trasie Gliwice Trynek - Rudy Raciborskie kursowało po 13 par pociągów w dni robocze i 8 par w dni świąteczne. Na odcinku Rudy Raciborskie - Markowice tylko 4 pary dziennie.