Za fałszowanie faktur i przestępstwa podatkowe, związane z działalnością firmy Publitalia '80, orzeczono wobec niego karę 2 lat i 3 miesięcy pozbawienia wolności.
W grudniu 2004 Marcello Dell’Utri został w pierwszej instancji przez sąd w Palermo uznany za winnego współudziału w spisku z mafią (wł. concorso in associazione mafiosa) i skazany na karę 9 lat pozbawienia wolności. Według sędziów działał w sposób konkretny, dobrowolny i świadomy, ułatwiając cosa nostrze kontakty z ważnymi środowiskami gospodarczymi i finansowymi. Marcello Dell’Utri publicznie skrytykował wyrok jako bezkrytyczne w jego ocenie powtarzanie argumentów prokuratury. Proces odwoławczy trwał kilka lat, w czerwcu 2010 sąd apelacyjny w Palermo obniżył karę pozbawienia wolności do siedmiu lat. Sędziowie uznali jednocześnie, że kontakty z mafią trwały tylko do 1992, odrzucając tym samym tezę o wejściu Silvia Berlusconiego do polityki (co nastąpiło dwa lata później) w wyniku porozumienia z cosa nostrą.
W maju 2007 wobec niego oraz działacza mafii Vincenza Virgi zapadł w innym procesie wyrok skazujący na kary po 2 lata pozbawienia wolności za wymuszanie pieniędzy od jednego z przedsiębiorców.