Spośród pozostałych gatunków objętych ochroną ścisłą występują m.in.: widłak goździsty, goździk pyszny, goździk piaskowy, sasanka łąkowa, grzybień biały, pełnik europejski, rosiczka okrągłolistna, kosatka kielichowa, mącznica lekarska i kilka gatunków storczyków.
Fauna Dolina Pilicy wyróżnia się w skali kraju bogactwem fauny związanej ze środowiskami wodnymi i bagiennymi.
Opisano tu występowanie 212 gatunków ptaków, z czego ponad 150 to ptaki gniazdujące. Na szczególne podkreślenie zasługuje gniazdowanie 11 gatunków umieszczonych w „Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt” oraz 100 gatunków zagrożonych wyginięciem zgodnie z kryteriami Dyrektyw Unii Europejskiej, tj. np. bąk, bączek, bocian czarny, bielik, orlik krzykliwy, zielonka, sieweczka obrożna, Batalion, kulik wielki, rybitwa białoczelna oraz puchacz.
Wśród ssaków na szczególną uwagę zasługują podlegające ochronie ścisłej gatunki nietoperzy: nocek łydkowłosy, nocek duży, nocek Brandta, nocek rudy, borowiec wielki i gacek szary.
Występuje tu 10 gatunków płazów oraz 5 gatunków gadów – jaszczurka zwinka, jaszczurka żyworodna, padalec, zaskroniec i żmija zygzakowata.
W wodach stwierdzono 32 gatunki ryb, wśród nich gatunki zagrożone wymarciem: piekielnica, różanka, koza złotawa, piskorz oraz 4 gatunki minogów.