Pozostał na misjach w Kustodii Ziemi Świętej, która umożliwiła mu kontynuację studiów teologicznych z zakresu Pisma Świętego we Franciszkańskim Studium Biblijnym w Jerozolimie (1988–1990). Po zdobyciu licencjatu z teologii biblijnej o. Chrupcała doktoryzował się z teologii dogmatycznej w rzymskim Antonianum w 1993 roku. Po ukończeniu studiów doktoranckich został wykładowcą w seminarium duchownym Kustodii Ziemi Świętej w Jerozolimie. W latach 2002–2008 był rektorem Międzynarodowego Studium Teologicznego w Klasztorze Najświętszego Zbawiciela w Jerozolimie. W latach 1993–2004 pełnił również funkcję przełożonego Terra Sancta College. 6 kwietnia 2001 otrzymał nominację na profesora nadzwyczajnego Papieskiego Uniwersytetu Antonianum, a 27 marca 2008 na profesora zwyczajnego tegoż uniwersytetu.
Oprócz pracy wykładowczej o. Chrupcała prowadzi badania z zakresu teologii biblijnej, przede wszystkim dotyczące Dzieła Łukasza (pojęcie Królestwo Boże). Publikuje na łamach obcojęzycznych periodyków specjalistycznych – Liber Annuus oraz Antonianum. Pisze również artykuły popularnonaukowe do kwartalnika Ziemia Święta, wydawanego przez polski Komisariat Ziemi Świętej. Jego najważniejsze publikacje to: Il regno opera della Trinità nel vangelo di Luca (1998), The Kingdom of God.