Także stanowiska w zachodniej i północnej Polsce uznawane są za wynik introdukcji.
Szachownica za naturalny składnik flory uznawana jest we Francji (obficie rośnie w dolinie Loary), w Holandii, w krajach alpejskich, w północnych Włoszech, liczne stanowiska miała na Węgrzech i w Rumunii, mniej liczne w Słowenii, Bośni i Hercegowinie, Serbii i Słowacji. Rośnie także na południowo-wschodnich krańcach Polski, na Ukrainie i dalej na wschodzie na coraz to bardziej rozproszonych i izolowanych obszarach (w tym oddzielonych przerwami – dysjunkcjami sięgającymi tysiąca i dwóch tysięcy km) w europejskiej części Rosji i dalej w zachodniej Syberii i w Kraju Ałtajskim. Najdalej na wschód sięga do doliny rzeki Bija.
W Polsce szachownica rośnie dziko w dorzeczu Sanu – w dolinach Wiaru i Wiszni, gdzie w przeszłości obecna była na dużych powierzchniach. Jej obszar występowania skurczył się w wyniku zmian krajobrazu w XX wieku do izolowanych, niewielkich stanowisk. Najlepiej zachowane siedliska gatunku chronione są w rezerwatach Szachownica kostkowata w Stubnie i Szachownica w Krównikach. W 2023 roku odkryte zostało stanowisko w Zaleskiej Woli (podkarpackie).