Bach mógł zatytułować każdą część zbioru Contrapunctus, gdyż fugi były przedzielone czterema kanonami, stąd nazwanie wszystkich utworów fugami byłoby niezgodne z konwencjami baroku, a tytuł Kunst der Fuge zaakceptował prawdopodobnie tylko dlatego, że w jego rozumowaniu technika fugowania była tożsama z techniką kontrapunktyczną.
Okres zapomnienia Kunst der Fuge przez długi czas pozostawała w cieniu. Brak jakiejkolwiek wskazówki, na jaki instrument lub zespół instrumentów zbiór był przeznaczony, spowodował, że dzieło uznawane było często za czysto teoretyczne. Kunst der Fuge, zawierająca wszystkie cechy sztuki absolutnej obcej XIX-wiecznym teoretykom muzyki, nie została zrozumiana ani doceniona. Dziełu zrzucano spekulatywność, abstrakcyjność muzyczną, niedoskonałość estetyczno-artystyczną; uznawano za pracę akademicką. C.P.E. Bach określił Kunst der Fuge jako „środek zastępujący kosztowne lekcje prywatne kontrapunktu”. Także wybitni teoretycy muzyki źle oceniali dzieło Bacha.