Podczas okupacji japońskiej (1895–1945) języki tajwańskie cieszyły się uznaniem, którego zabrakło w okresie Kuomintangu (1949–1991). Po pierwszych wolnych wyborach w 1991 roku pozycja języków tajwańskich vis-á-vis urzędowego języka mandaryńskiego zyskała na znaczeniu. Jednak poza językiem amis, którego liczbę mówiących szacuje się na ponad 100 tys., wszystkie inne języki tajwańskie są w różnym stopniu zagrożone wymarciem, np. w 2003 językiem pazeh posługiwała się jedynie jedna osoba, która zmarła w 2010.
Niegdyś języki tajwańskie traktowane były jako podrodzina języków austronezyjskich. W latach 60. XX wieku języki tajwańskie klasyfikowano w trzy grupy: języki atajalskie, tsou i paiwańskie.
Z uwagi na podobieństwa języków tajwańskich do języków filipińskich proponowano również klasyfikacje łączące te języki w jedną grupę.
Klasyfikacja języków tajwańskich według Shigeru Tsuchidy W latach 80.