Ciało Ptolomeusza pochowała pobożna matrona św. Savinilla w jednej z pobliskich grot.
Tradycja identyfikuje jako miejsce pochówku św. Ptolomeusza katakumby św. Savinillii w Nepi. Wykopaliska przeprowadzone w 2003 przez Papieską Komisję Archeologiczną pod kościołem św. Ptolomeusza w Nepi wykazały, iż katakumby były w użyciu od III do XIV wieku. Lokalna tradycja wskazuje grób św. Ptolomeusza przy wejściu do katakumb. Pokazywany zwiedzającym napis uważany jest przez archeologów za późniejsze oszustwo. Jedynym autentycznym świadectwem kultu był kościół, który istniał przy wejściu do katakumb św. Savinillii. Jego istnienie poświadcza dokument z 1178. Kościół ten został zburzony w 1540. Obecny kościół św. Ptolomeusza z Nepi rozpoczęto budować w 1619. Obecną formę uzyskał w 1720. Opiekę nad katakumbami w XVI w. sprawowali dominikanie. Relikwiarz św. Ptolomeusza znajduje się pod ołtarzem, pomiędzy drzwiami prowadzącymi do katakumb.
Kult świętego