Systematyka Nocohutia wyspowa jest zaliczana do rodziny hutiowatych. Pierwotnie był opisany przez Fredericka True (1888) jako podgatunek nocohutii jamajskiej (Geocapromys brownii). True korzystał jednak wówczas jedynie z opisu Philip'a Gosse z 1851 roku, nie miał dostępu do okazów tego gatunku, a swoje wywody opierał na porównaniu cech zewnętrznych na podstawie opisu. W 1901 roku Frank M. Chapman zwrócił uwagę na wyraźne różnice w umaszczeniu, w budowie i w wymiarach czaszek obu hutii, a także zróżnicowane ich wymiary anatomiczne – w tym szczególnie uszu. W rezultacie uznał, że G. thoracatus to odrębny gatunek.
Etymologia Nazwa rodzajowa Geocapromys pochodzi od trzech greckich słów: geo oznaczającego Ziemię, capro (dzik) oraz mys znaczącego „mysz” i odnosi się do – wyjątkowego w odniesieniu do pokrewnych Capromys – naziemnego trybu życia. Aluzja do dzików wynika z podobieństwa barwy i szorstkości sierści, a także sposobu poruszania się. Epitet gatunkowy thoracatus wywodzi się również z greki – thorax (θώραξ) oznacza „pierś” i jest aluzją do pasa kremowej sierści na piersi hutii z Wysp Swan.