Łączna ilość ołtarzy we wnętrzu miała osiągnąć 365, by każdego dnia roku Święta Liturgia była odprawiana na innym. Do czasu upadku Nikona ukończono jednak tylko 29 z nich.
Od zachodu do głównego soboru przylegała cerkiew Świętych Konstantyna i Heleny, zagłębiona na sześć metrów w ziemi; jedynie jej kopuły były widoczne nad jej powierzchnią. Znajdujący się w niej ikonostas w całości powstał poprzez rzeźbę w kamieniach szlachetnych i łączenie ich ze sobą.
Funkcjonowanie monasteru w XVII w. Dzięki staraniom Nikona monaster stał się za jego życia ważnym ośrodkiem artystycznym. Pracujący przy jego rozbudowie budowniczowie i artyści wykonywali później prace przy najbardziej prestiżowych cerkwiach Rosji. Nikon założył w Nowym Jeruzalem również bibliotekę i planował otwarcie drukarni. Do 1666 wspólnota monastyczna wzrosła do 500 mnichów.