Cele Podstawowym celem lotu było dokowanie ze zmodyfikowaną wersją stopnia rakiety Ageny D, członem Agena Target Vehicle. Misja Gemini 6 miała pierwotnie odbyć się w listopadzie 1965 r. W trakcie jej trwania miało dojść do połączenia z Ageną. Po utracie Ageny w kilka minut po starcie (25 października), odliczanie wsteczne dla Gemini 6 na platformie 19 wciąż trwało. Pięćdziesiąt minut przed startem odliczanie zostało przerwane i przekazano astronautom złe wieści. Agena uległa zniszczeniu, a jej fragmenty wpadły do Atlantyku. Po tych wydarzeniach zmieniono cel misji na spotkanie z drugim statkiem Gemini. Zaplanowany na 25 października 1965 roku start przesunięto na 12 grudnia. Nazwę misji zmieniono na Gemini 6A. Do spotkania miało dojść podczas czwartego okrążenia. Do najważniejszych celów programu Gemini należało spotkanie i połączenie już w pierwszych godzinach lotu. Nabycie umiejętności dokowania było koniecznym warunkiem udanych późniejszych lotów na Księżyc. Również tej misji, jak poprzednim, wyznaczono cele drugoplanowe.