W latach 1891–1893 Köler był prezesem Towarzystwa Literatów Estońskich (Eesti Kirjameeste Selts).

Twórczość Uprawiał malarstwo realistyczne, akademickie, ze wzniosłymi tematami i tradycyjną hierarchią gatunków, kontestując „deprecjonowanie” sztuki, dokonywane przez Pieriedwiżników. Był pierwszym artystą, który sportretował nowego cesarza Rosji Aleksandra III po jego wstąpieniu na tron, tworząc obowiązujący innych artystów kanon portretów tego cesarza. Köler najbardziej był znany ze swoich portretów czołowych członków społeczeństwa petersburskiego, w tym rodziny królewskiej; tworzył także liczne obrazy historyczne, pejzaże i romantyczne portrety salonowe.

W swoim malarstwie podejmował też tematy estońskie – od studium typów chłopskich, po stroje ludowe, zagrody i lokalną mitologię. Od 1863 regularnie sygnował swoje prace Köler-Viliandi, podkreślając tym przywiązanie do rodzinnej ziemi.

W zbiorach Muzeum Narodowego w Warszawie znajduje się owalny portret generała majora inżyniera Stanisława Kierbedzia, autorstwa Johanna Kölera, namalowany w 1882, w technice olejnej na płótnie, o wymiarach 74,5 × 59,5 cm (M.Ob.781 MNW).

Upamiętnienie W 1976 odsłonięto w Viljandi pomnik Johanna Kölera, autorstwa E. Viiesa i R. Luuba.