Wspólnota zarządzana jest na zasadach ustroju prezbiteriańskiego – obowiązuje zasada wielości starszych, a działalnością kieruje rada starszych, której przewodniczy jeden ze starszych wskazany przez radę. Starsi wybierani są na czas nieokreślony. Starszych wspierają diakoni i diakonisy. Kościół Chrześcijański „Pojednanie” stanowi samodzielny związek wyznaniowy wpisany do rejestru kościołów i związków wyznaniowych MSWiA w dziale A, pod nr 62.
Działalność wspólnoty ogniskuje się wokół cotygodniowych spotkań niedzielnych, podczas których ma miejsce wspólny śpiew dla uwielbienia Boga, modlitwy, a także głoszenie kazań z kolejno rozważanych rozdziałów Biblii. Poza tym, wspólnota gromadzi się na cotygodniowych spotkaniach modlitewnych, młodzieżowych, a także spotkaniach rozważania Pisma Świętego.
Historia Lublin Wspólnota Chrześcijańska „Pojednanie” wyłoniła się z katolickiego Ruchu Światło-Życie, tzw. ruchu oazowego, którego wspólnota działała przy duszpasterstwie akademickim w Lublinie od 1982 r. Początkowo, animatorzy wspólnoty oazowej nawiązali kontakt z Campus Crusade for Christ (od 1992 r. znanym jako: Ruch Nowego Życia) – organizacją ekumeniczną o korzeniach protestanckich. W 1989 r.