Oblężenie 19 lutego rozpoczęła się wymiana ognia. Silny opór zaskoczył buntowników, którzy liczyli na stosunkowo szybkie opanowanie zamku. 22 lutego przypuszczono potężny szturm głównymi siłami. Walka trwała do nadejścia nocy, ale siły Saigō nie zdołały opanować zamku. Mimo to odniesiono pewne sukcesy: garnizon poniósł znaczne straty i musiał opuścić część stanowisk; samurajowie zdobyli także krótko po rozpoczęciu ataku chorągwie cesarskiego 14. Regimentu Piechoty, co obniżyło morale tej jednostki. Niepowodzenie szturmu sprawiło też, że buntownicy zaczęli bardziej doceniać przeciwnika, gdyż dotąd uważali wojsko z poboru za nieefektywne.
24 lutego wojska Saigō przystąpiły do regularnego oblężenia. Zamykając pierścień umocnień wokół zamku, samurajowie liczyli na zdobycie Kumamoto przez zagłodzenie garnizonu. Atutem buntowników było także ciągłe wzmacnianie się ich armii. Pod Kumamoto napływało bowiem wielu samurajów, którzy także sprzeciwiali się poczynaniom rządu cesarskiego. Na niekorzyść samurajów działały jednak inne czynniki: czas – coraz bardziej malał atut zaskoczenia rządu w Tokio; rozciągniecie linii umocnień na dużym obszarze (od Tabaruzaki, będącej częścią Kumamoto, po zatokę Ariake);