Geneza thumb|left|Kadeci Gwardii Narodowej Czeczeńskiej Republiki Iczkerii, 1999 W okresie faktycznej niezależności Czeczeńskiej Republiki Iczkerii (formalnie pozostawała częścią Federacji Rosyjskiej) po częściowo wygranej przez Czeczenów pierwszej wojnie na Kaukazie Północnym, w latach 1996–1999 doszło na jej terytorium do pogłębienia się kryzysu prawnego, politycznego i zbrojnego. Pomimo wprowadzenia prawa szariatu przez prezydenta separatystów Asłana Maschadowa, nie udało się powstrzymać wzrostu działalności kryminalnej i rozkładu republiki na niewielkie terytoria rządzone przez zwalczające się wzajemnie klany. Północne klany czeczeńskie opowiedziały się w dodatku przeciwko wprowadzeniu szariatu. Instytucje państwowe przestały mieć wpływ na rozwój wydarzeń w republice. Wkroczenie oddziałów czeczeńskich pod dowództwem Szamila Basajewa i mudżahedinów Chattaba do sąsiedniego Dagestanu pod hasłem ustanowienia na całym Północnym Kaukazie islamskiego kalifatu (zgodnie z zamysłem wahabitów), doprowadziło do wybuchu II wojny czeczeńskiej. Dodatkowymi powodami wybuchu wojny była działalność kryminalna separatystów na terytorium całej Rosji: kontakty czeczeńskich mudżahedinów z Al-Ka’idąQE.E.131.11.