Kowenko, Żytie..., ss.13–14.
21 stycznia 1937 został skazany przez trójkę NKWD na pięcioletnie uwięzienie w łagrze w rejonie miasta Uchta. Mimo złego stanu zdrowia w łagrze był zmuszany do pracy, co potwierdzają notatki z wiosny 1937, w których jakość pracy więźnia oceniono jako „dobrą”ks. H. Wenziuk, ks. O. Kowenko, Żytie..., s.15. Jednak w końcu 1937 w dokumentacji obozowej odnotowano, iż stan zdrowia duchownego nie pozwala na wykonywanie żadnej pracy. Metropolita Anatol niemal całkowicie stracił wzrok, chorował również na serce, płuca i miał trudności z poruszaniem się. Zmarł w obozie 23 stycznia 1938 i został pochowany na jego terenieks. H. Wenziuk, ks. O. Kowenko, Żytie..., ss.14–17.
Kanonizacja i upamiętnienie 200px|mały|lewo|Cerkiew św. Anatola Kowelskiego w Kowlu, widok z 2010 Od 1997 metropolita Anatol był świętym czczonym lokalnie, w Ukraińskim Kościele Prawosławnym Patriarchatu Moskiewskiego. W 2000 Sobór Biskupów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego zaliczył go do Soboru Świętych Nowomęczenników i Wyznawców RosyjskichАнатолий (Грисюк) Священномученик, митрополит Одесский.