W 1648 w Kościanie odnotowana została drukarnia Wiganda Funka.
Dotkliwe straty i upadek potęgi Kościana nastąpił w czasie potopu. W 1655 miasto zajęli Szwedzi, obsadzając je załogą złożoną z 400 żołnierzy. Wojska Karola Gustawa z Kosciana wypędził starosta babimojski Krzysztof Jan Żegocki, który posłużył się fortelem. Przebrał on swoje wojska w szwedzkie mundury i dzięki pomocy mieszkańców zaskoczył Szwedów. Jednak szwedzkie wojsko spaliło miasto oraz zburzyło zamek i wszystkie umocnienia w odwecie za pomoc jaką mieszkańcy udzielili wojskom polskim. W wyniku działań wojennych miasto wyludniło się, część mieszkańców zbiegła na Śląsk, a w Kościanie po wojnie mieszkało zaledwie 400 osób. W 1656 miasto na krótki czas opanowali także Brandenburczycy. Zniszczenia odnotowała lustracja starostwa kościańskiego z 1661 raportująca spalenie miasta oraz miejscowego zamku (castrum) notowanego w dokumentach w latach 1312, 1441, 1522 i 1661.
12 czerwca 1662 król polski Jan Kazimierz potwierdził (w liczbie 8) wszystkie spalone w czasie potopu przywileje miejskie, które wydane zostały w różnych okresach historycznych przez różnych władców polskich.