Zjazdy szlachty sprzyjały rozwojowi rzemiosła oraz handlu. Na początku XVI wieku miasto miało już bardzo liczne cechy rzemieślnicze. W 1513 Zygmunt I Stary potwierdził dawne przywileje kolskim sukiennikom, siodlarzom, kowalom, nożownikom, ślusarzom, pasamonikom i zdunom, a w 1516 także krawcom, piwowarom i innym. Cechy krawiecki, szewski i garbarski otrzymały przywileje od Zygmunta II Augusta w 1552.
Położone na prawym brzegu Warty przedmieście Zduny otrzymało w 1559 r. od Zygmunta Augusta prawo wyboru własnego samorządu. W mieście już w XVI wieku liczna była społeczność żydowska, o której mówił kolejny przywilej Zygmunta Augusta z 1564: ...iż oni pod względem handlu i zarobku porówni są z innymi mieszkańcami tego miasta, ponoszą zarówno ciężary i podatki.
W 1622 r. Koło zostało spalone przez oddział lisowczyków. W połowie XVII wieku miasto zaczęło podupadać. Poważnych zniszczeń doznało podczas potopu szwedzkiego w 1655 r. Pod Kołem stacjonowało wówczas 34 000 żołnierzy, dowodzonych przez króla Szwecji Karola Gustawa, który przyjął tutaj posła polskiego Krzysztofa Przyjemskiego. W II połowie XVIII wieku było największym miastem ówczesnego powiatu konińskiego i liczyło 1400 mieszkańców.
Rozbiory Polski