Zrekonstruowano też oryginalny, gotycki prospekt organowy.
Organy mają następującą dyspozycję (symbole w nawiasach oznaczają: głos istniejący (I), głos zrekonstruowany (Z), (czZ = głos częściowo zrekonstruowany):Dyspozycja organów została opracowana na podstawie stron: Wirtualne Centrum organowe – Słownik terminów organowych i Gdańskie Organy – Organy Katedry w Oliwie. Wynika z nich, iż w polskiej terminologii obowiązuje terminologia niemiecka, jakkolwiek niektóre nazwy instrumentów mogą być tłumaczone na jęz. polski, jeżeli mają odpowiedniki.: I. Manual C-a3 II. Manual C-a3 (rozszerz. do C-a4) III. Manual C-a3 IV. Manual C-a3 Pedal C-f1Principal 16'(Z) Bordun 16' (I) Praestant 8'(Z) Doppelfloete 8' (Z) Gamba 8' (Z) Flüte 8' (I) Principal amabile 8' (czZ) Quintatön 8' (I) Gemshom 8' (I) Gedackt 8' (I) Octave 4' (I) Rohrfloete 4' (I) Violini 4' (czZ) Gemshorn 4' (I) Rohrquint 22/3′ (IOctave 2' (czZ) Flachfloete 2' (I) Rauschquinte 22/3′ (I)Cornett 3-4fach (I) Mixtur 3-5fach (I) Scharff 5fach (Z) Bombarde 16' (I) Trompete 8' (I) Clarine 4' (I) Salicional 16' (Z) Bordun 16' (I) Principal 8' (czZ) Flöte 8' (I) Spitzflöte 8' (I) Gedackt 8' (I) Salicional 8' (Z) Octave 4' (I) Flauto dolce 4' (Z) Salicional 4' (Z) Nachthorn 4' (I) Quinte 22/3′ (I) Rohrflöte 2' (I) Piccolo 2' (Z) Quinte 11/3′ (I) Siffloete 1'(I) Rauschquinte 2fach